道教现在有两个大的宗派，分别是重内炼的全真派和重符箓的正一派，道教是多点起源的，历史上的宗派很多，合流为全真、正一两大宗派，都是元代发生事。正一派的合流以元成宗大德八年（1304）敕封第三十八代天师张与材作“正一教主”，又加授“主领三山符箓”为标志。丹鼎派的全真道与金丹南宗的合流则以陈致虚“五祖七真说”的提出为契机。
全真道由王重阳创教于北方，是为北宗，金丹南宗由张伯端创立于南方，是为南宗，都自称为吕祖所传之内丹宗派，也可通称为丹鼎派。北宗先性后命，南宗先命后性，丹诀虽然各有偏重，但都倡性命双修。双方本不排斥，在元代中后期全真道三次与佛教论战败北，受佛教排挤时，势力庞大之北宗和擅长理论之南宗的合流，是在时代大潮下，水到渠成之事。
南北宗合流的关键人物是陈致虚，不过南北宗的合流虽然最终由陈致虚所促成，但两宗的合流是一个漫长的过程，也是在特定的历史条件下，两宗各自发展的需要所导致的。陈致虚的作用应该说只是在水到渠成的最后关头提出了两宗都能接受的“五祖七真说”，从而促成了两宗的合流。
一、南北宗对各自传承的自述
张伯端真人（缺图）
南宋时，金丹南宗主要在南方发展，一般认为南宗的真正创始人是白玉蟾，张伯端——石泰——薛道光——陈楠——白玉蟾的传承体系是白玉蟾追述的。在白玉蟾以前，南宗师徒间多以个人传授为主，从白玉蟾开始，才有教团和相应的仪规出现，才能真正算一个宗派。白玉蟾的弟子陈守默、詹继瑞等人作《海琼传道集》时，认为张伯端师承刘海蟾，而刘海蟾是吕洞宾的传人。于是南宗就成为钟吕金丹一系的正宗传人，并将张伯端、石泰、薛道光、陈楠、白玉蟾五人尊称为祖师，后世称为“南五祖”。
王重阳真人（缺图）
与陈楠、白玉蟾授受的同时，王重阳在北方的金统治区创立了全真道。在金朝北方的蒙古正在兴起，成吉斯汗召见全真道的代表人物邱处机，邱处机提出了“止杀保民”、“布法推恩”、“以孝治国”等治国之术，得到成吉斯汗的推崇，成吉斯汗令邱处机掌管天下道教。随着蒙古势力的发展，全真道在元朝前期得到了很大的发展。全真道一开始与金丹南宗一样，只是祖述自己的宗派创始人为王重阳，并称王重阳和六位弟子为“七真”。到王重阳的再传弟子中，才开始有人考虑全真道的渊源问题。
邱处机委任弟子宋披云（即宋德方，号披云）总理《道藏》的修定和编撰，宋的弟子秦志安撰《金莲正宗记》，才提出王重阳前的师承，将全真道认定为钟吕一系的正宗传人，提出全真道的五祖为“东华帝君王玄甫、正阳帝君钟离权、纯阳帝君吕洞宾、纯佑帝君刘海蟾、辅极帝君王重阳”。为了与南五祖相区别，全真道五祖被称为“北五祖”。同时，把全真道的七位弟子“无为真人马钰、蕴得真人谭处端、长春真人邱处机、长生真人刘处玄、玉阳真人王处一、广宁真人郝大通、清净散人孙不二”称为“七真”。除孙不二外，其余六位弟子原来与王重阳一起称七真，王重阳上升为祖师后，就补入了孙不二，以足七真之数。
二、元代南北宗道士的交流
此时蒙元尚未统一全国，南北仍处于政权相隔的情况，全真道尚未大规模南传，但已经有个别全真道士在南宋政权统治区活动了。如湖北武当山在当时就有全真道士驻足，有鲁大宥、汪真常等。两人的徒弟张道贵和张守清还受学清微派的雷法，所以武当山的全真道士大都兼而传习清微雷法。
随着元朝势力的扩大，全真道继续南传至江苏、浙江、福建、江西等地区。在这个地区活动的大多为南宗的道士。南宗道士组织十分松散，人数不多，没有固定的宫观。由于没有得到统治者的扶持，其社会影响并不大。随着元世祖统一江南，全真道南传过程中，南宗道士与全真道士的交流日益增多，南北之学逐渐交融。其中最具代表性的人物是李道纯。
李道纯字元素，号清庵，别号莹蟾子，仪真 （今江苏仪征）人。李道纯后来被追溯为道教内丹中派的创始人。中派丹法源出南派白玉蟾门人王金蟾，其丹法要旨仍出于紫阳真人张伯端之《悟真篇》，当然也吸收了全真道的丹法思想，李道纯本人也自称是全真道士。李道纯的著作主要有《三天易髓》、《太上大通经注》、《太上升玄消灾护命妙经注》、《太上老君说常清静经注》、《道德会元》、《全真集玄秘要》、《无上赤文洞古真经注》、《中和集》、《莹蟾子语录》等，主要内容是阐述中派内丹修炼思想。其后明代尹真人的弟子著有《性命圭旨》、《证道仙经》，清代黄元吉著《乐育堂语录》、《道德经讲义》、《道门语要》，进一步阐扬中派丹法。
李道纯本为南宗白玉蟾弟子王金蟾的门人，为南宗嫡系，但又自称是全真道士，这是全真道南传后，南宗道士的普遍情况。究其原因主要是全真道与元室关系密切，有较高的政治地位，并且组织庞大，社会影响很大，打着全真道的旗号更利于传道等活动的开展。当然全真道要与金丹南宗合流也有自己的需求。从丹道理论研究上讲，全真道缺乏应有的深度和高度，并曾因理论研究的不足，导致了三次与佛教辩论的失败，从而使全真道的发展受到重创。
三、全真道与佛教三次辩论的失败和《老子化胡经》的焚毁
全真道在元初的发展达到了鼎盛时期。以印行贬抑佛教的《老子化胡经》和《老子八十一化图》为导火索，引起了与佛教的争执。少林寺长老福裕到宪宗那里告御状，宪宗五年（1255）皇帝命全真道士与少林长老到大内万安阁，在御前进行辩论。由于元代统治者本就为信奉佛教而偏向佛教，以及全真道在理论建设上的不足，全真道以李志常为首的道教徒以完败结束了这场辩论。于是，皇帝下令焚毁《老子化胡经》等“伪经”经版，并要全真道退还因战乱无僧人值守而被全真道士占据的佛寺30多所。
由于全真道对此令的执行大打折扣，于是以少林寺长老为首，再次向朝廷告状，因而在宪宗八年（1258）又展开了一次佛、道之间的辩论，这次辩论的赌注十分有趣，就是和尚如果输了，要留发当道士，道士如果输了，要剃发当和尚。这次以张志敬为首的全真道士还是不争气，又输掉了这次辩论。于是樊志应等17名“辩士”被剃光了头到龙光寺当和尚。宪宗再次下令焚毁“伪经”，归还全真道所占佛寺200余所。
第三次辩论发生在元世祖至元十八年（1281），起因是据佛教徒称，各地仍有“伪经”经版未尝焚毁。于是忽必烈命佛、道一起考证诸道经真伪。结果仍然是对全真道不利，于是忽必烈下令除《道德经》和有关科仪的道书外，其余道经，尤其是涉及与佛教关系的道经均要焚毁。从此时起，全真道走入一个发展的低潮，究其原因除了当时的皇帝偏向于佛教外，主要原因是全真道士不注重、不擅长理论的研究，以至于在三次与佛教的辩论中都以失败告终。
四、陈致虚“五祖七真说”促进南北宗的合流
元成宗继位（1295）后，对全真道又进行适当的扶持，全真道开始有了新的发展，但理论研究上的缺陷依然是全真道的心病。金丹南宗虽然组织松散，但其弟子却擅长理论著述，在丹道理论上有着深刻的见解，这正是全真道所缺乏的。所以南北两宗合并是全真道和金丹南宗各取所需的道教两个宗派的合流。
陈致虚，字观吾，号紫霄上阳子，江右庐陵（今江西吉安）人，生于元至元庚寅年（1290）。早年时，陈致虚隐居于山林之中，以读书吟诗自娱，并认为佛教主张寂灭，道家主张虚无，两家的学问深邃，但无法得其要旨而验证，故不可深信。至元己巳（1329），陈致虚40岁时，于衡阳遇缘督子赵友钦传其金丹口诀，才恍然大悟，茅塞顿开，摒弃过去的错误见解，从此一身致力于修道和传道。
据陈致虚自述，其传承如下：宋德方——李珏——张模——赵友钦——陈致虚。不过后人方认为宋德方为北宗传人，李珏本就是南宗的一支。南北两宗本来就不互相排斥，而李珏接触过北宗高道和北宗丹法也是非常有可能的事。因为陈致虚大力提倡南北两宗的融合，并以南北两宗的嫡传自居，所以有把李珏归入全真名下的举动。
陈致虚除了赵友钦这一位师傅外，还有一位对他来说影响更大的师父。陈致虚自称在拜赵友钦为师后，复遇一位名为“青城老仙”的师父，传其先天一炁金丹之旨。特别是火候秘诀，悉授无隐。之后，陈致虚以阴阳丹法的思想注《悟真篇》传世。
全真道的丹法是清修丹法，而陈致虚后来传授给弟子的丹法却是阴阳双修的丹法，陈致虚双修丹法的传承可能就是来自这位“青城老仙”。不过陈致虚没有说明这位“青城老仙” 姓甚名谁，但他在《上阳子金丹大要仙派》中称自己有两位度师，一位是“度师缘督赵真人”，另一位是“度师谷云刘真人”，不知道这位刘谷云是否是陈致虚所说的“青城老仙”。
陈致虚是南北两宗融合的大力推动者。以南北两宗的正宗传人自居。由于元代全真道大显于世，于是陈致虚以全真道士的身份致力于著述和传道，并以“五祖七真说”在实际上促成了南北宗的合流。
南北两宗本来是两个教派，所以各自表述自己的“五祖”没有任何问题。但如果合成一宗，则两个“五祖”就不能并行了，致力于两宗合并的陈致虚提出了一个两宗都能接受的“五祖七真”说。
陈致虚提出的“五祖”采用原全真道的“五祖”，即“王玄甫——钟离权——吕洞宾——刘海蟾——王重阳”。
“七真”分为“北七真”和“南七真”，北七真就是全真七子，即王重阳的七位嫡传弟子，马钰(丹阳子)、丘处机(长春子)、谭处端(长真子)、王处一(玉阳子)、郝大通(太古子)、刘处玄(长生子)和马钰之妻孙不二(清静散人)。
“南七真”则是在南五祖的基础上，加上了刘永年和彭耜，其次序为 “张伯端、石泰、薛道光、刘永年、陈楠、白玉蟾、彭耜”。这个传承系统为两宗所接受后，大约在元惠宗时期（1333—1370）南北两宗的合流正式完成。
在丹鼎派合流为全真的同时，符箓派也合流为正一，于是流传到现在，道教就只有全真和正一两个大的教派。但大的教派的形成并没有杜绝各个原有宗派各自为政的传承，这种现象一直持续到现在。