以前一直不知道。

在某BBS上看到有个被批的版本：

　　注①：越国铸剑大师欧冶子，是中国古代最有名，也是最具神秘感的铸剑大师，中国关于他的传说可谓数不胜数。

　　相传其一生铸过五把最名的剑，三把长剑，两把短剑，传说中，三把长剑为“湛卢”、“巨阙”、“纯钩”、两把短剑为“莫邪”、“鱼肠”、这五把剑均为杀人利器，尤其是“鱼肠剑”，还演绎了一场风萧萧兮易水寒的刺秦悲歌。民间成语“三长两短”便出自此典故，意思是，碰到这三把长剑两把短剑的任意一把，当事人就差不多该交待了。

不过更正确的说法应该是这个：

有道是踏破铁鞋无觅处，得来全不费工夫。忽一日翻书，见《礼记·檀弓上》有如下记载：“棺束，缩二，衡三；衽，每束一。”记述如此简约，只好认真读孔颖达疏：“棺束者，古棺木无钉，故用皮束合之。缩二者，缩纵也。纵束者二行也。衡三者，横束者三行也。衽，每束一者。衽，小要也，其形两头广，中央小也。既不用钉棺，但先凿棺边及两头合际处作坎形，则以小要连之令固，并相对每束之处以一行之衽连之，若竖束之处则竖著其衽以连棺盖及底之木，使与棺头尾之材相固。汉时呼衽为小要也。”

用现代话作一简要复述：古时棺木不用钉子，用皮条把棺材底与盖捆合在一起。横的方向捆三道，纵的方向捆两道。横的方向木板长，纵的方向木板短，“三长两短”即源于此。衽原本指衣服的缝合处，此指连接棺盖与棺底的木楔，两头宽中间窄，插入棺口两旁的坎中，使盖与棺身密合。衽与皮条联用，就是为了紧固棺盖。发展到后来用钉子钉棺盖，既方便又快捷，衽也就逐渐被淘汰。三长两短的捆棺材皮条也随之消失，但这个词语却一直流传下来，在现代汉语中也经常使用。

这个是有点复杂了，再简单一点就是棺材没合上之前，是三块长板两块短板。

看了一眼Yahoo HK，有人这么解释的：

SOS的摩斯码：… — — — …

中间是三个长，两边短，不过我觉得这个有点牵强了。

还有就是拜死人的，三炷长香，两支短蜡烛。